Fortalecemos la investigación, brindando servicios a todo tipo de instituciones públicas y privadas sobre recursos biológicos, tanto en la Universidad, la región y el país. Para solicitar servicios, análisis y uso de equipamiento puede escribirnos directamente e indicar su requerimiento vía mail a pablo.demanet@ufrontera.cl cc a bioren@ufrontera.cl.
La Unidad de Proteómica y Metabolómica de BIOREN ofrece servicios para la preparación, separación, cuantificación y caracterización de proteínas y péptidos. La plataforma integra electroforesis, cromatografía líquida, ensayos espectrofotométricos y espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF.
Las estrategias disponibles incluyen extracción y limpieza de muestras, digestión enzimática de proteínas, obtención de perfiles de masas, estimación de masas moleculares, identificación mediante huella de masa peptídica y fragmentación de iones peptídicos seleccionados. Los resultados se procesan e interpretan utilizando las herramientas informáticas y bases de datos disponibles en la Unidad.
También evaluamos la factibilidad de implementar nuevas estrategias de análisis según el tipo de muestra, los objetivos del proyecto y las capacidades de la plataforma. Cada solicitud es revisada previamente para definir la preparación de muestra, el flujo analítico y el alcance esperado de los resultados.
Realizamos la extracción de proteínas a partir de diferentes tipos de muestras biológicas. La estrategia se selecciona según la matriz, la cantidad de muestra disponible, las propiedades de las proteínas y el análisis posterior. El procedimiento puede incluir homogeneización, centrifugación, filtración, precipitación con solventes o métodos basados en columnas.
La factibilidad y las condiciones de extracción se evalúan previamente para reducir interferencias y obtener una muestra compatible con electroforesis, cromatografía o espectrometría de masas.
La diálisis permite disminuir la concentración de sales, retirar moléculas pequeñas o realizar un intercambio de tampón en muestras proteicas. La membrana, el límite de corte molecular y las condiciones del procedimiento se seleccionan según el tamaño de la proteína, la composición de la muestra y el análisis posterior. Este procedimiento está sujeto a una evaluación previa de recuperación, estabilidad y volumen mínimo de muestra.
La Unidad realiza digestión proteolítica de proteínas para generar péptidos compatibles con el análisis mediante espectrometría de masas. La enzima y las condiciones de digestión se seleccionan de acuerdo con el objetivo analítico.
Después de la digestión, los péptidos pueden someterse a un procedimiento de desalado y limpieza mediante materiales de fase reversa C18. Este tratamiento permite disminuir sales y otros componentes que pueden interferir con la ionización y el análisis mediante espectrometría de masas.
El formato de limpieza y la cantidad de material C18 se seleccionan según el volumen, la concentración y la complejidad de la muestra.
Separación de proteínas según su masa molecular aparente mediante electroforesis en gel de poliacrilamida con dodecil sulfato de sodio (SDS-PAGE). Permite comparar perfiles proteicos y seleccionar bandas para su posterior análisis por espectrometría de masas.
Separación de proteínas y complejos proteicos conservando sus interacciones no covalentes. La movilidad depende de la masa, carga y conformación de las proteínas, por lo que no corresponde directamente a su masa molecular.
Cuantificación de proteínas totales mediante el método de Bradford, utilizando curvas de calibración y controles. También puede estimarse la concentración por absorbancia a 280 nm mediante el lector BioTek Synergy HT y la placa Take3, cuando la muestra sea compatible.
Separación de proteínas y otras biomoléculas según su tamaño hidrodinámico. Su implementación depende de la disponibilidad de una columna SEC y de estándares adecuados para el intervalo molecular de interés.
Obtención de perfiles de masas de proteínas, péptidos y extractos biológicos compatibles mediante desorción/ionización láser asistida por matriz y tiempo de vuelo (MALDI-TOF). Esta estrategia permite estimar masas moleculares y comparar la distribución de señales entre muestras. La resolución y calidad del perfil dependen de la pureza, concentración, matriz MALDI y calibración empleadas; no corresponde a una determinación de masa exacta.
Identificación de proteínas mediante huella de masa peptídica (PMF) a partir de proteínas purificadas o bandas de gel sometidas a digestión enzimática. Las masas experimentales de los péptidos se comparan con digestiones teóricas contenidas en bases de datos de proteínas. La confiabilidad de la identificación depende de la cobertura de secuencia, la calidad del espectro, la taxonomía seleccionada y la disponibilidad de secuencias en la base de datos.
Selección y fragmentación de iones peptídicos mediante espectrometría de masas en tándem (MS/MS). Los patrones de fragmentación aportan información estructural y pueden apoyar la asignación de secuencias peptídicas y la identificación de las proteínas de origen. El análisis requiere una señal precursora de intensidad suficiente y muestras con baja interferencia de sales u otros contaminantes.
Separación cromatográfica y análisis dirigido de péptidos mediante cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem con ionización por electrospray (LC-ESI-MS/MS). Esta estrategia puede utilizarse para detectar o cuantificar péptidos específicos cuando se dispone de transiciones, estándares y criterios de identificación adecuados. No corresponde a un servicio de proteómica global o no dirigida de alta resolución.
Utilizamos el software “PEAKS Studio X+” (Bioinformatics Solutions Inc.) y otras herramientas de vanguardia para identificar proteínas, además de determinar modificaciones postraduccionales estándar y personalizadas, proporcionando una comprensión profunda de su muestra.
Ofrecemos una identificación rápida y confiable de microorganismos utilizando el avanzado sistema “MALDI Biotyper”. Con este servicio, puedes pasar de la muestra al resultado en cuestión de minutos.
Identificación de proteínas a través del software “PEAKS Studio X+”, utilizando la base de datos Swissprot u otra base de datos personalizada adicional. Los datos generados durante el análisis de los péptidos se utilizan para identificar las proteínas originales a partir de las cuales se generaron los péptidos. Esto puede implicar la comparación de los espectros de masas de los péptidos con bases de datos de proteínas conocidas.
Medición de actividades enzimáticas asociadas a la respuesta frente al estrés oxidativo, incluyendo superóxido dismutasa, catalasa y glutatión reductasa.
Determinación de fosfatasa ácida y alcalina, ureasa, celobiohidrolasa, β-glucosidasa, β-N-acetilglucosaminidasa, leucina aminopeptidasa, polifenol oxidasa y peroxidasa. Estos ensayos permiten evaluar procesos enzimáticos asociados a los ciclos del carbono, nitrógeno y fósforo y a la transformación de compuestos fenólicos.
Determinación de la hidrólisis del diacetato de fluoresceína (FDA) como indicador de actividad hidrolítica global. Este ensayo refleja la actividad conjunta de diferentes enzimas, principalmente esterasas, lipasas y proteasas, por lo que no corresponde a la medición de una enzima específica.
Procesamiento de datos obtenidos mediante MALDI-TOF/TOF, incluyendo calibración, corrección de línea base, detección de señales y generación de listas de masas. La calidad del resultado depende de la intensidad de las señales, la calibración y la complejidad de la muestra.
Comparación de huellas de masa peptídica y espectros de fragmentación con secuencias contenidas en UniProtKB/Swiss-Prot u otras bases de datos compatibles. La búsqueda considera parámetros como organismo, enzima de digestión, tolerancia de masa y posibles modificaciones de los péptidos.
Evaluación de los candidatos de identificación considerando puntuación, cobertura de secuencia, número de péptidos coincidentes y calidad de los espectros. Los resultados se informan junto con sus criterios de aceptación y principales limitaciones.
Evaluación de modificaciones postraduccionales específicas cuando los espectros presentan cobertura y calidad suficientes. Las asignaciones se consideran candidatas hasta contar con evidencia de fragmentación adecuada y, cuando corresponda, confirmación mediante estándares o técnicas complementarias.
Entrega de espectros procesados, señales seleccionadas, candidatos de identificación y parámetros utilizados en la búsqueda. La interpretación se realiza considerando el tipo de muestra, la estrategia experimental y el alcance analítico de la plataforma.
Con SmartC-BIOREN, las instituciones pueden esperar un apoyo robusto, basado en la precisión, la tecnología avanzada y la colaboración. Estamos comprometidos en ser el aliado estratégico para todas las entidades que buscan avanzar en el campo de los recursos biológicos.
