La Misión del Centro de Biotecnología de Alimentos y Tecnologías de Bioseparación (CFB & BT) es contribuir con conocimiento y desarrollo de tecnologías con una base física y biológica relacionada con la producción de ingredientes para la elaboración de alimentos funcionales y su transferencia tecnológica a la industria.

Su objetivo principal es desarrollar investigaciones teóricas y aplicadas sobre (1) la producción de nutrientes funcionales a partir de microorganismos y sus componentes, y (2) la separación de compuestos bioactivos (antioxidantes, antimicrobianos y pigmentos) en materiales vegetales y microorganismos.
Es también un objetivo del CFB & BT difundir los resultados de esta investigaciones en la comunidad.