Genómica y Bioinformática

La sección de Genómica y Bioinformática cuenta con el equipamiento necesario para el procesado de muestras biológicas, que incluye la extracción y purificación de ácidos nucleicos, electroforesis y cuantificación de ácidos nucleicos, amplificación de regiones o genes de interés, construcción de bibliotecas genómicas y secuenciación de primera (Sanger), segunda generación (masiva o NGS) y tercera generación. Además, la sección de Genómica y Bioinformática proporciona asesoramiento en el diseño y planificación de estudios, así como en la exploración de datos de secuenciación masiva. Nuestra misión es generar datos genómicos y ayudar al usuario a extraer toda la información relevante de los datos de secuenciación y orientar a la adecuada interpretación de los resultados.

Servicios de Secuenciación Illumina
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Servicios de Secuenciación Sanger
Secuenciador 3500 Genetic Analyzer,Applied Biosystems, USA
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Servicios de Secuenciación Oxford Nanoporo
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Servicios de Extracción de Ácidos Nucleicos
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Servicios de procesamiento de muestras y secuenciación

Servicios de procesamiento
de muestras y secuenciación:

  • Cuantificación de DNA, RNA y proteínas en microvolúmenes (placa Take3).
  • Evaluación de la expresión génica bajo diferentes condiciones.
  • Secuenciación Sanger y de Microsatélites
  • Secuenciación multilocus (MLSA, MLST)
  • Control de calidad de bibliotecas genómicas
  • Secuenciación de genomas pequeños (plásmidos, virus, bacterias y hongos)
  • Secuenciación de genes marcadores (16S, 18S, ITS, COI, etc)
  • RNAseq y secuenciación de microRNAs
  • Secuenciación de metagenomas: diversidad microbiana (16S, 18S, ITS)
  • Secuenciación de miRNAs, siRNA y otros pequeños RNAs
  • Paneles de genes prediseñados
  • Otra: Genotipificación por secuenciación (reducción de complejidad de genomas de mayor tamaño).

Análisis bioinformáticos:

  • Control de calidad y procesamiento de datos crudos (reads generados por los secuenciadores).
  • Diseño de primers para PCR y PCR multiplex.
  • Análisis de datos de secuenciación Sanger.
  • Análisis de MLST y MLSA.
  • Ensamblaje y mapeamiento de genomas.
  • Anotación genómica.
  • Anotación taxonómica basada en genes marcadores (16S, 18S, ITS, COI, etc)
  • Caracterización genómica de genomas procariontes.
  • Secuenciación y análisis genómico del SARS-CoV-2.
  • Genómica comparativa y análisis de pangenoma.
  • Análisis evolutivos y filogeográficos de patógenos.
  • Análisis de diversidad microbiana y metagenómica.
  • Análisis de RNA-seq.
  • Análisis de microRNAs.
  • Taxonomía genómica y Filogenómica.
  • Análisis filogeográficos basados en haplotipos y SNPs.

Cursos, Asesorías y capacitaciones:

La Unidad de Genómica y Bioinformática pone a disposición de los usuarios, profesionales capacitados y con experiencia para brindar apoyo en el diseño experimental de proyectos de investigación que involucren el uso de secuenciación masiva y bioinformática. 

Así mismo, brindamos cursos de entrenamiento y capacitación avanzada según las necesidades y disponibilidad del personal de la Unidad.

 

Cursos regulares ofrecidos por la Unidad:

  • BRN-400: Bioinformática aplicada al estudio del microbioma.
  • BRN-701: Proteogenómica en Biorecursos.

Equipos

  • qPCR StepOnePlus, Applied Biosystems,USA
  • Secuenciador NGS MiSeq-Illumina, USA
  • Secuenciador 3500 Genetic Analyzer,Applied Biosystems, USA
  • Secuenciador MinION, Oxford Nanopore Technology, UK
  • Electroforesis Capilar FragmentAnalyzer, Advanced Analytical, USA.

Staff de trabajo

Dr. Michel Abanto Marín

Encargado de Unidad
Doctorado Biología Computacional y Sistemas Especialista en Genómica y Bioinformática
michel.abanto@ufrontera.cl

Dr(c). Claudio Vásquez Vásquez

Tecnólogo Médico
Doctorado en Ciencias mención Biología Celular y Molecular Aplicada.
Especialista de Aplicación en Citometría de Flujo y Genómica.
claudio.vasquez@ufrontera.cl

Bq. Benjamín Leyton Carcaman

Bioquímico
Especialista en Análisis de Datos y Bioinformática
benjamin.leyton@ufrontera.cl

Investigadores Visitantes

mikihiko-kawai

Mikihiko Kawai

Ph. D.Researcher at Kyoto University
Bioinformatician
kawai.mikihiko.8c@kyoto-u.ac.jp

Investigadores Posdoctorales

Dra. Fernanda Cid Alda

fernanda.cid@ufrontera.cl

Biólogo Marino UACH, Doctor en Ciencias de Recursos Naturales UFRO. Investigador responsable : “Endophytic and epiphytic bacterial communities associated with
bladed Bangiales, do host species identity matters more than habitat and season?” (código 3200728 de ANID). Profesor patrocinante: Dr. Michel Abanto Marín

Alumnos en Prácticas, Pasantías o Tesis

  • Luciana Mella Mella (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
  • Daniel Agüero Maldonado (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
  • Catherine Urrutia Colileo (Práctica). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
  • Benjamín Silva Ahumada (Pasantia). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
  • Daniel Ulloa Cerro (Pasantia). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
  • Karen Nahuelqueo Catalán (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
  • Iñaky Segovia Tilleria (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
  • Carol Andrea Jerez Quezada (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica. Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • María Camila López Alzate (Práctica Estival I). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
  • Javiera Montecino Morales (Práctica Estival I). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
  • Joel Calfuleo Painevilo (Práctica II). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
  • Ariel Martínez (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Marcelo Pincheira (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Sabta Alarcón Saez (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Cristobal Leal Ortiz (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Carol Jerez (Práctica II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
  • Enzo Ortiz Leal (Práctica Estival II y Práctica Profesional). Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
  • Ariel Martínez (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Victor Gallardo Muniz (Práctica Profesional y Trabajo de Título). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
  • Benjamín Duran Vinet (Práctica Profesional y Trabajo de Título). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
  • Enzo Ortiz Leal (Práctica Estival II y Práctica Profesional). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
  • David Madariaga Troncoso (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingienería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Benjamín Leyton Carcaman (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingienería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
  • Benjamin Leyton Carcaman (Práctica I y II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
  • Nicole Lagos Aedo (Práctica II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
  • Francisca Infante Muñoz (Práctica de Estudio II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
  • Rodrigo Alonso Aguilar Rodríguez (Pasantía). Ingeniería en Biotecnología, de la Escuela de Biología, del Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC).
  • Claudio Reyes Quiroz (Actividad de Titulación). Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
  • Matías García Mendoza (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.