Genómica y Bioinformática
La sección de Genómica y Bioinformática cuenta con el equipamiento necesario para el procesado de muestras biológicas, que incluye la extracción y purificación de ácidos nucleicos, electroforesis y cuantificación de ácidos nucleicos, amplificación de regiones o genes de interés, construcción de bibliotecas genómicas y secuenciación de primera (Sanger), segunda generación (masiva o NGS) y tercera generación. Además, la sección de Genómica y Bioinformática proporciona asesoramiento en el diseño y planificación de estudios, así como en la exploración de datos de secuenciación masiva. Nuestra misión es generar datos genómicos y ayudar al usuario a extraer toda la información relevante de los datos de secuenciación y orientar a la adecuada interpretación de los resultados.
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Servicios
Servicios de procesamiento
de muestras y secuenciación:
- Cuantificación de DNA, RNA y proteínas en microvolúmenes (placa Take3).
- Evaluación de la expresión génica bajo diferentes condiciones.
- Secuenciación Sanger y de Microsatélites
- Secuenciación multilocus (MLSA, MLST)
- Control de calidad de bibliotecas genómicas
- Secuenciación de genomas pequeños (plásmidos, virus, bacterias y hongos)
- Secuenciación de genes marcadores (16S, 18S, ITS, COI, etc)
- RNAseq y secuenciación de microRNAs
- Secuenciación de metagenomas: diversidad microbiana (16S, 18S, ITS)
- Secuenciación de miRNAs, siRNA y otros pequeños RNAs
- Paneles de genes prediseñados
- Otra: Genotipificación por secuenciación (reducción de complejidad de genomas de mayor tamaño).
Análisis bioinformáticos:
- Control de calidad y procesamiento de datos crudos (reads generados por los secuenciadores).
- Diseño de primers para PCR y PCR multiplex.
- Análisis de datos de secuenciación Sanger.
- Análisis de MLST y MLSA.
- Ensamblaje y mapeamiento de genomas.
- Anotación genómica.
- Anotación taxonómica basada en genes marcadores (16S, 18S, ITS, COI, etc)
- Caracterización genómica de genomas procariontes.
- Secuenciación y análisis genómico del SARS-CoV-2.
- Genómica comparativa y análisis de pangenoma.
- Análisis evolutivos y filogeográficos de patógenos.
- Análisis de diversidad microbiana y metagenómica.
- Análisis de RNA-seq.
- Análisis de microRNAs.
- Taxonomía genómica y Filogenómica.
- Análisis filogeográficos basados en haplotipos y SNPs.
Cursos, Asesorías y capacitaciones:
La Unidad de Genómica y Bioinformática pone a disposición de los usuarios, profesionales capacitados y con experiencia para brindar apoyo en el diseño experimental de proyectos de investigación que involucren el uso de secuenciación masiva y bioinformática.
Así mismo, brindamos cursos de entrenamiento y capacitación avanzada según las necesidades y disponibilidad del personal de la Unidad.
Cursos regulares ofrecidos por la Unidad:
- BRN-400: Bioinformática aplicada al estudio del microbioma.
- BRN-701: Proteogenómica en Biorecursos.
- BRN-702: Bioiformática aplicada a Transcriptómica.
Equipos
- qPCR StepOnePlus, Applied Biosystems,USA
- Secuenciador NGS MiSeq-Illumina, USA
- Secuenciador 3500 Genetic Analyzer,Applied Biosystems, USA
- Secuenciador MinION, Oxford Nanopore Technology, UK
- Electroforesis Capilar FragmentAnalyzer, Advanced Analytical, USA.
Staff de trabajo
Dr. Michel Abanto Marín
Encargado de Unidad
Especialista en Genómica y Bioinformática
michel.abanto@ufrontera.cl
Dr(c). Claudio Vásquez Vásquez
Tecnólogo Médico
Especialista de Aplicación en
Citometría de Flujo y Genómica.
claudio.vasquez@ufrontera.cl
BQ. Benjamín Leyton Carcaman
Estudiante de Doctorado
Especialista en Análisis de Datos y Bioinformática
benjamin.leyton@ufrontera.cl
Dr. Mikihiko Kawai
Bioinformático Profesor Visitante mikihiko.kawai@ufrontera.cl
BQ. Carol Jerez Quezada
Bioquímico
Estudiante de Doctorado
Laboratorio de Genomica
Alumnos en Prácticas, Pasantías o Tesis
- Luciana Mella Mella (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
- Daniel Agüero Maldonado (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
- Catherine Urrutia Colileo (Práctica). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
- Benjamín Silva Ahumada (Pasantia). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
- Daniel Ulloa Cerro (Pasantia). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
- Isidora Guerrero Pinto (Practica Estival I). Carrera de Biotecnología. Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales. Universidad de La Frontera.
- Karen Nahuelqueo Catalán (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina. Universidad de La Frontera.
- Iñaky Segovia Tilleria (Práctica Profesional). Carrera de Tecnología Médica. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
- Carol Andrea Jerez Quezada (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica. Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- María Camila López Alzate (Práctica Estival I). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
- Javiera Montecino Morales (Práctica Estival I). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
- Joel Calfuleo Painevilo (Práctica II). Carrera de Química y Farmacia. Facultad de Medicina, Universidad de La Frontera.
- Ariel Martínez (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Marcelo Pincheira (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Sabta Alarcón Saez (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Cristobal Leal Ortiz (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Carol Jerez (Práctica II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
- Enzo Ortiz Leal (Práctica Estival II y Práctica Profesional). Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
- Ariel Martínez (Unidad de Investigación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Victor Gallardo Muniz (Práctica Profesional y Trabajo de Título). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
- Benjamín Duran Vinet (Práctica Profesional y Trabajo de Título). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
- Enzo Ortiz Leal (Práctica Estival II y Práctica Profesional). Carrera de Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
- David Madariaga Troncoso (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingienería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Benjamín Leyton Carcaman (Unidad de Investigación y Proyecto de Titulación). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingienería y Ciencias, Universidad de La Frontera.
- Benjamin Leyton Carcaman (Práctica I y II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
- Nicole Lagos Aedo (Práctica II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
- Francisca Infante Muñoz (Práctica de Estudio II). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
- Rodrigo Alonso Aguilar Rodríguez (Pasantía). Ingeniería en Biotecnología, de la Escuela de Biología, del Instituto Tecnológico de Costa Rica (TEC).
- Claudio Reyes Quiroz (Actividad de Titulación). Biotecnología, Facultad de Ciencias Agropecuarias y Forestales-Universidad de La Frontera.
- Matías García Mendoza (Unidad de Investigación y Trabajo de Título). Carrera de Bioquímica, Facultad de Ingeniería y Ciencias, Universidad de la Frontera.
