< class="breadcumb-title">UNIDAD DE PROTEÓMICA Y METABOLÓMICA

UNIDAD DE PROTEÓMICA Y METABOLÓMICA

La Unidad de Proteómica y Metabolómica de BIOREN brinda apoyo analítico a proyectos de investigación en ciencias biológicas, biomédicas, agroalimentarias, químicas y microbiológicas. Su trabajo comprende la separación, detección, identificación y cuantificación de proteínas, péptidos, metabolitos y otras moléculas de interés biológico.

La plataforma dispone de un espectrómetro de masas Bruker Autoflex Speed MALDI-TOF/TOF y de un sistema SCIEX 3200 QTRAP con fuente de ionización por electrospray Turbo V–TurboIonSpray, acoplado a cromatografía líquida Shimadzu UFLC. Estas capacidades se complementan con sistemas HPLC con detector de arreglo de diodos, UPLC, electroforesis en gel y lectura multimodal de microplacas.

La instrumentación disponible permite desarrollar análisis como caracterización de proteínas y péptidos, identificación de microorganismos mediante espectrometría de masas MALDI-TOF, análisis dirigido de metabolitos y otros compuestos por LC-MS/MS, separación y cuantificación cromatográfica y evaluación de biomoléculas mediante técnicas espectrofotométricas y electroforéticas.

La Unidad colabora con investigadores de universidades, instituciones públicas y organizaciones del sector productivo en el diseño y ejecución de estrategias analíticas adaptadas a cada proyecto. La factibilidad, el alcance y los requisitos de cada análisis se evalúan previamente considerando la naturaleza de las muestras, el tipo de analito, la sensibilidad requerida y las capacidades reales de la plataforma.

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Espectrometría de Masas
Lector Multimodal de Microplacas
Cromatografía Líquida
Entrenamiento y Cursos de Capacitación

La Unidad dispone de dos plataformas complementarias: espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF y cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas en tándem con ionización por electrospray (LC-ESI-MS/MS) para cuantificación dirigida. Estas tecnologías permiten obtener perfiles de masas, caracterizar proteínas y péptidos, identificar microorganismos y desarrollar análisis dirigidos de compuestos de interés biológico.

La factibilidad de cada análisis depende del tipo de muestra, las propiedades del analito, el intervalo de masas, la sensibilidad requerida y la disponibilidad de estándares y métodos de referencia.

  • Obtención de perfiles de masas mediante MALDI-TOF.
  • Comparación de perfiles o huellas espectrales entre muestras.
  • Análisis de proteínas y péptidos mediante MALDI-TOF/TOF.
  • Identificación de proteínas mediante huella de masa peptídica, previa separación o digestión enzimática.
  • Fragmentación de iones seleccionados mediante MALDI-TOF/TOF.
  • Identificación de microorganismos mediante MALDI Biotyper, sujeta a la cobertura de las bibliotecas disponibles y a la calidad del aislamiento.
  • Desarrollo y aplicación de métodos dirigidos mediante LC-ESI-MS/MS.
  • Cuantificación dirigida mediante monitoreo de reacciones múltiples (MRM), cuando se dispone de estándares, transiciones y procedimientos de calibración adecuados.
  • Evaluación de nuevas aplicaciones para proteínas, péptidos, metabolitos, lípidos y otras moléculas compatibles con las plataformas disponibles.

El lector de microplacas BioTek Synergy H1 permite realizar ensayos de absorbancia, fluorescencia y luminiscencia, compatibles con el uso de 2 inyectores, agitación y calefacción integrada. El sistema opera en modo cinética, punto final y barrido espectral. Este equipo permite cuantificar biomoléculas, evaluar reacciones bioquímicas y medir actividades enzimáticas mediante protocolos adaptados a microplaca.

  • Cuantificación de proteínas mediante el método de Bradford y Qubit.
  • Determinación de capacidad antioxidante mediante ensayos ORAC, TEAC y DPPH.
  • Medición de actividades enzimáticas, incluyendo superóxido dismutasa, catalasa, glutatión reductasa, fosfatasa ácida y alcalina, ureasa, celobiohidrolasa, β-glucosidasa, β-N-acetilglucosaminidasa, L-aminopeptidasa, polifenol oxidasa, peroxidasa e hidrólisis del diacetato de fluoresceína (FDA).
  • Determinación de especies reactivas al ácido tiobarbitúrico (TBARS) como indicador de peroxidación lipídica.
  • Evaluación de concentración y pureza espectrofotométrica de ADN, ARN y proteínas en microvolumen mediante placa Take3, incluyendo las relaciones de absorbancia A260/A280 y A260/A230.
  • Seguimiento cinético de reacciones enzimáticas.
  • Adaptación de ensayos bioquímicos y moleculares a formatos de microplaca con fondo óptico (absorbancia), opacas (luminiscencia) y negras (fluorescencia).
  • Evaluación de nuevos ensayos según el tipo de señal, el intervalo de medición y los reactivos requeridos.

La Unidad cuenta con sistemas de cromatografía líquida HPLC-DAD, UFLC, además de acoplamiento mediante ionización por electrospray al espectrómetro de masas SCIEX 3200 QTRAP. Estas plataformas permiten separar y analizar compuestos presentes en matrices biológicas, vegetales, alimentarias y químicas.

La identificación mediante detector de arreglo de diodos se realiza por comparación del tiempo de retención y del espectro ultravioleta-visible con estándares de referencia. Cuando el método lo requiere y el analito es compatible, puede complementarse con detección dirigida mediante LC-MS/MS.

Los análisis ofrecidos corresponden a métodos dirigidos. La factibilidad de nuevos métodos se evalúa antes de recibir las muestras, considerando columnas, estándares, preparación de muestra y capacidad de detección disponibles.

Análisis y estrategias disponibles

  • Separación, detección y cuantificación de compuestos mediante HPLC-DAD.
  • Análisis dirigido de polifenoles y flavonoides.
  • Análisis de pigmentos vegetales, betalaínas y otros cromóforos.
  • Determinación de ácidos orgánicos.
  • Análisis de vitaminas, sujeto a la estabilidad del analito y a la disponibilidad de estándares.
  • Análisis dirigido de fitohormonas mediante métodos cromatográficos o LC-MS/MS.
  • Desarrollo de curvas de calibración y procedimientos de cuantificación.
  • Transferencia, adaptación y optimización de métodos cromatográficos publicados.
  • Desarrollo de nuevos análisis dirigidos según la naturaleza del compuesto, la matriz y la sensibilidad requerida.
  • Complementación de los análisis mediante detección UV-visible y espectrometría de masas en tándem.

Entrenamiento y cursos de capacitación

La Unidad ofrece actividades de capacitación teórica y práctica en técnicas de separación, espectrometría de masas, preparación de muestras y análisis de datos. Los contenidos se definen según la experiencia de los participantes, la aplicación de interés y la disponibilidad instrumental.

Las capacitaciones en proteómica y metabolómica se ofrecen con un alcance definido según las capacidades reales de la plataforma. No se ofrece entrenamiento en metabolómica no dirigida de alta resolución.

Áreas de capacitación

  • Fundamentos y operación de cromatografía líquida HPLC-DAD.
  • Preparación de muestras para análisis cromatográfico.
  • Desarrollo, transferencia y verificación de métodos de cromatografía líquida.
  • Fundamentos y aplicaciones de la espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF.
  • Preparación de muestras y selección de matrices para análisis MALDI.
  • Obtención e interpretación de perfiles de masas MALDI.
  • Identificación microbiana mediante MALDI Biotyper.
  • Fundamentos de LC-ESI-MS/MS y análisis dirigido mediante MRM.
  • Procesamiento de datos con Analyst, FlexControl, FlexAnalysis y los programas disponibles en la Unidad.
  • Diseño de curvas de calibración, controles de calidad y criterios básicos de validación analítica.
  • Talleres personalizados para aplicaciones o proyectos específicos, sujetos a una evaluación previa de factibilidad.

Otras Unidades Especializadas

Servicios de investigación altamente especializados

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